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由于此处为人口密集的居民点，加之巴贝夫与其战友的众多家眷也生活在这里，为避免警察对无辜者的伤害，革-命者纷纷放弃了抵抗。随后，这20多人都被押送到巴黎近郊的1处秘密监狱里。
“算起来，这已经是我第5次进监狱了！”巴贝夫自我嘲讽道。
巴贝夫第1次被捕入狱的原因，是他成了抗拒缴纳捐税的非常热烈的辩护人。其间，巴贝夫甚至在对佩朗和鲁瓦地区的群众宣传中，说道：“必须停止缴纳这些捐税，而在非交不可的时候，就用暴力来反对那种试图恢复捐税的暴力……”
于是在1790年5月19日当天夜间，巴贝夫被捕。两天之后的21日，他被投进巴黎裁判所附属监狱（康斯列热尔监狱）。这是巴贝夫人生中第1次入狱，属于君主立宪派的当政时期。
好在马拉等众多革-命者的无私帮助下，巴贝夫在7月初得以无罪释放。
第2次被捕时在1791年春，那是巴贝夫被选为他定居的圣·吉尔镇的委员。由于巴贝夫和他的支持者们召集了市民大会，强迫支持吉伦特派的市长在某个意见书上签名。于是乎，法院以“寻衅滋事”罪将巴贝夫再度逮捕，这是巴贝夫的第2次被捕。
但在出庭受审的时候，证人们众口1词地为被告巴贝夫辩护，他们的辩词对巴贝夫赞赏有至。到最后，法庭只得将巴贝夫无罪释放。巴贝夫在证人的拥簇下如闪电般归来，受到了人民的欢呼。
巴贝夫的第3次被捕，是在1793年11月，在巴黎粮食管理局担当秘书的时候。
期间，因为过期的往事，代表巴黎粮食局的巴贝夫与索姆省政-府的工作往来中关系恶劣。不久，巴贝夫遭遇索姆省高等法院的缺席审判，被判处了2十年有期徒刑。此外，索姆高等法院还致函给治安委员会和巴黎警察局，要求立刻逮捕“罪犯巴贝夫”。
雾月24日，也就是11月14日，巴贝夫遭遇巴黎警察局的被捕。但随后，有人向治安委员会的瓦迪埃委员进行了举报，“宣称巴贝尔公民是被索姆省官员陷害的，审判也是非法和无效的。”
不久，治安委员会便指派主管警察总局政治部的安德鲁-弗兰克上尉，全权负责调查此事。
1周之后，安德鲁在写给索姆省高等法院的书信中说：“据政治部调查所知，在派往巴黎粮食管理局以前和在巴黎任职期间，巴贝夫公民在公民责任感和廉洁方面无可争议。据此，我们怀疑判刑2十年的理由是否充分，请派人来治安委员会接受听证质询。”
由于索姆省方面没有在规定的时间里，派专人来治安委员会接受质询，因此在12月7日，巴贝夫被巴黎警察局释放，理由是“不允许拿1个具有众所周知的爱国主义的人的自由当儿戏”。
然而，索姆省政-府与刑事法庭依然通过某种政治交易，向巴黎治安委员会和司法部提出了请求判决应该执行，巴贝夫应该收到逮捕。于是巴贝夫于1794年1月1日，第4次遭遇被捕。
此刻，巴黎相当多的革-命党人对巴贝夫深为同情，并且也尝试帮助他，但进展缓慢。当巴贝夫的朋友再度向“正义的安德鲁”寻求援助的时候，这位政治部长断然拒绝了。那时还是小胳膊小腿的安德鲁，没有任何勇气，去反抗来自治安委员会的任何1项决议。
但不久，安德鲁还是承诺了两件事：第1，将巴贝夫从环境恶劣的卡拜政治监狱，转移到条件较好的卡姆监狱里；第2，将巴贝夫的同事蒂博多带到警察局的档案室，允许他查阅有关巴贝夫的材料，汇集有利于巴贝夫的证明，准备材料，写成长篇辩护书。
很快，巴贝夫的案件转移到巴黎最高法院。牧月21日（6月9日）的庭审之后，该法院正式宣布，对巴贝夫的判决以及1切预审均为无效，并将案件转到埃纳省法院，做异地审理。
获月30日（1794年7月18日），代表埃纳省法院的雅各宾派检察官下令释放了巴贝夫。于是巴贝夫又重新回到巴黎粮食管理局任职。此刻，距离热月政变也只有9天时间了。
在热月政变前后，巴贝夫支持以塔里安、弗雷隆、安德鲁等人为首的热月党人。因为他反对1793到1794年的“专-制”的革命政府与“恐怖制度”，对“恐怖的独裁者”罗伯斯庇尔深恶痛绝。这1期间，巴贝夫在其报纸上发表了许多反罗伯斯庇尔的言论。
在热月9日之后，巴黎公社和1些组织的幸免于难的活动家，残余的埃贝尔派和忿激派试图联合起来，在1座前主教宅邸恢复了所谓选举俱乐部，宣扬与捍卫“1793年宪法精神”。经朋友介绍，巴贝夫也加入到了选举俱乐部。
9月到10月间，巴贝夫和选举俱乐部针对热月党人领导的国民公会，进行了大量的攻击。很快，巴黎警察局长德马雷下令查封了选举俱乐部。10月中旬，俱乐部主任列格雷被捕，巴贝夫也被通缉。
其后，巴贝尔借助某个朋友的关系，不请自来的前往波旁宫，