上都存有分歧，完全无法做到朝廷希望的和衷共济，反而导致了严重的事权分裂。
这种对立状态并没有持续太久。当年冬天，刚刚在八里桥败给英法联军的科尔沁亲王僧格林沁奉命前往山东镇压捻军，震惊的发现当地团练乱象已无法遏制，随即与巡抚文煜一起向朝廷上奏弹劾杜?。
杜?自然据理力争，上疏痛陈办团期间所受的种种阻挠。
咸丰帝深感无奈，遂于次年正月调文煜返回直隶任职，同时将杜?召回京城，督办团练大臣这一职衔也被裁撤。
团练与官府之间的体系争斗就此逐渐平息，然而正如僧格林沁所忧虑的那样，山东团练的纷乱格局已经难以整顿扭转，并将在今后继续给朝廷和地方带来大大小小的各种麻烦。