江巡抚、福建巡抚领导，军令方面由提督海事太监指挥。
根据联合舰队组成计划，舰队设司令部、包括司令长官与补佐幕僚、参谋长、参谋副长、首席参谋、炮术参谋、水雷参谋、联络参谋、航海参谋、机关参谋、战务参谋、政务参谋、副官等配置。
根据方案，皇家海军、浙江水师、福建水师将抽调福船、楼船、炮船等大型主力船只编为联合舰队常备舰队，其余大小船只则编为警备舰队。将官幕僚人选将从三家各按舰船比例委任。
方案最后落款是提督海事太监魏某良臣，又有浙江巡抚高中丞的印信，看样子浙江方面已经和那个魏公公就联合舰队组成达成一致。这让侯安之十分担心，如果按这个组成方案，他福建水师的军权会不会被这个联合舰队夺走，毕竟，原吴淞水师和浙江的水师船只和官兵都比他福建多得多。
“这个联合舰队只是暂时的，待东番平定之后各回本军。”
许是看出侯安之的担心，黄承玄淡淡说了句，尔后沉吟片刻，“我闽兵虽承平近二十年，但此番用兵并非国战，想来官兵当能应付。本官自来福建，便觉这福建实在是贫困，若能取得东番以为我福建百姓出路，实是一大良政，还望提督能够尽心竭力，好使我福建不落下风。”
侯安之未多加考虑便应下此事，因为他知道巡抚大人既然如此说了，那便不是他能反对的。至于是否出力倒也其次，三家联兵战船数百艘，纵是他福建官兵不堪战，也不虞败亡。
黄承玄对讨伐鸡笼十分重视，又告侯安之他数日之后便往中左所坐镇，若有可能当乘船至澎湖巡视，言下之意鸡笼正当福建正面，若能取得理应归福建管辖，所以侯安之还须好生出力，届时方能堵了那两家的口。