此事最奇怪的是“死、伤者皆裸体”，为空前罕见的怪事，令明末清初的名人学士大惑不解。例如：
有一绍兴人士周吏目的弟弟，名周季宇，当天上午去菜市口买一蓝纱褶，中途遇上6个友人，于是停下行礼拜揖。礼还没拜完，头忽然飞去，而另外6个人却纤毫未伤；在粤西会馆路口，有一学馆，其中有学童32人，一响之后，先生和学生俱无踪迹；宣府新推总兵正出门拜客，走到圆宏寺街时，一声巨响，一行7个人都没了踪影，同时消失的还有一匹据说是花千金才买到的宝马；承恩寺街有一女轿经过，震后，只见打坏的轿子仍在街心，而女子、轿夫都不见了；而经过玄弘寺街的女轿则幸运多了，一响掀去轿顶，轿中女子身上的衣服没了，人却没事。
很多死者和伤者均赤身裸体，寸丝不挂。有一长班（侍从），巨响之后，帽子、衣裤、鞋袜一霎那全都不见了；有一人因压伤一腿躺在地上动弹不得，见街上妇女赤体而过，有的用瓦片遮住下身，有的用半条脚带遮掩着，有的披了半条褥子，有的披着一幅被单，一会工夫就过去了数十人，那人见了哭笑不得。
屯院何廷枢正要出门拜客，大震一声后，全家人被埋入土中。何廷枢的两三个文书手持锹镢站在瓦砾上，大呼道：“底下有人可答应！”忽有人应道：“救我！救我！”众人问道：“你是谁？”应道：“我是小二姐。”原来是何廷枢的爱妾。文书赶紧把她刨出来，只见她“身无寸缕，以手掩阴，羞赧无措”。一文书急忙脱下大褂给她盖上，扶着她骑驴走了。
震崩后，有人报信说，许多红细丝衣等都飘至西山，大半挂在树梢上；还有的飘到了昌平教场中，器皿、首饰、银钱无所不有。户部张凤逵派长班前去验对，果不其然。丰润等县治，树上也挂满成堆的衣服；还有的人，突然莫名其妙地出现在别人家中；“更有失手足头目于里外得之者”。而落在昌平州教场的衣服成堆。户部（管民政的机构）派长班去昌平查验，长班回来报告果然衣服、器皿、首饰、金银、鞋袜俱有。户部张凤奎将此事写入奏折向皇帝汇报。
文献中“但见飙光一道，内有大光”，“烟尘障空，白昼晦冥”等记载与现今科学证实了的陨石坠落时会出现的情况很吻合。而且当陨石坠地时会发出巨大的震动、声响，这与记载中的“有声如吼”也一致。不过“陨石说”又难以解释爆炸发生之前出现的那些情况，以及为什么会将几吨重的大石狮子抛到数里之外。对于陨石坠落这样一件大事，在历来重视天文观测的中国，有专门的天文水利观测记录中却点滴未见，很难解释得通。
龙卷风灾难说
龙卷风是一种小范围的强烈旋风，寿命短，属于小尺度对流性天气系统。因此，龙卷风的发生必须具备对流性天气发生的条件。龙卷风具有很大的破坏力，所经之处，树木、房屋、农作物等都可能被席卷一空，撕得粉碎。但震后有人入京报告，西山飘来大量衣服挂于树梢，随风飘扬。昌平州教场中衣服成堆，器皿、首饰、银钱也落得满地都是。选择性地转移物品，没有人感觉到风的存在，说明灾难当时没有发生龙卷风或飓风。
火药焚爆说
对于这次巨大灾变，明末清初的志、史书中多认为起因是“王恭厂灾”，意为皇家部队的火药库爆炸引起的。王恭厂明中叶一度制造过火药。我国是世界上火药□□的发明国，也是最早使用□□的国家，早期古代制造火药系为兵卒释放作为联络信号，另外，明代是中国科技史上的一个重要发展期，其中军事科技，也不例外，得到了大发展，有可靠资料显示中，明代军队对于火药□□的使用非常广泛，明朝中后期，明军使用火器的部队，高达百分之六十。另外百分之四十分别为百分之二十的骑兵和百分之二十的步兵，其中骑兵亦有一部分使用火器的骑兵，因此可知，王恭厂，确实有一定数量的军火储存，王恭厂附近有兵营和军火库以及兵工厂，驻有士兵，但其规模比不上现代中国的兵工厂大。即使是军火仓库里火药成堆，但当时的黑色炸药威力相对较小，所以就有人推测，就算全部点着，也不过将军火库以及周围的房屋烧光、焚爆为平地而已，绝不会死伤数千数万人。特别是当时的司礼太监若愚明确记叙“王恭厂”是负责管营建的皇家部队后勤部。有钱、粮草、马匹是真的，也不排除有储备火药的库房，所以将都城灾变一起推给王恭厂爆炸是错误的。当然，王恭厂也在爆炸范围内，居住附近的百姓说王恭厂有铁砂纷纷飞散，但这是在“蘑菇”云、“灵芝”云落地之后，冲击波摧毁了小火药储蓄室必然的结果，绝非王恭厂失火引起的灾变。况且史、志各书如实记载这次灾变“不焚寸木”、“焚燎之迹全无”，因此，也有人认为王恭厂，是灾变的受害者，根本不是灾变的罪魁祸首。
史书记载编辑
关于大爆炸的情况，在《明实录·熹宗实录》、《国榷》、宦官刘若愚所著《酌中志》、北京史地著作《帝京景物略》、《宸垣识略》中都有记载，尤其是根据当时属于官方的、相当于现在政府新闻公报性质的邸报底本，