行挟嫌诬陷封疆大吏，监毙要犯。折中列出张伯行七大罪状，仅其中私刻书籍、谤诽朝政一条就足够灭门之罪。
皇帝本太不信，但李述等人也曾多次密告张伯行确有刻书之举，又使皇帝不敢全面否定葛礼之言。
拿着两份奏折，皇帝犯起了踌躇，心中只埋怨张鹏翮和赫寿，去了两个多月竟没有一道有点主见的奏章。但是，皇帝对江南科场案的态度是十分明朗的，一心要查个水落石出。现在督、抚互相弹劾，且都被卷进案中，如果不采取措施，恐怕越审越乱，想来想去，皇帝决定暂时将张伯行和葛礼都解任，减少干扰，然后严令张鹏翮二人将科场案和督抚互劾案一并加速审清，皇帝明确表示案中不管牵进何人也要彻底究清。而且皇帝还特别指出：“证人李奇和泾县知县陈天立是本案关键，必须要这二人当面对质清楚，查明余下的十五锭金子的下落才是破案关键，两位钦差应对此格外用心。”
圣旨发下十天，仍不见张鹏翮的确实结论。却接连收到江宁织造曲乃实和苏州织造李述的三道密札，报道审案过程中又出了新的波澜。李奇与陈天立对质后，陈天立供认出确实接到了李奇送来的十五锭黄金，但问到交给谁了的时候，他却吞吞吐吐不肯说。就在钦差准备再次拷问之际，陈天立却突然在监中自缢身死，造成了死无对证的局面。
案子越审越复杂，而且江南士子近日又有聚众闹事的趋势，已有人贴出歌颂张伯行德政的歌谣，也有人为葛礼鸣不平，江南舆论众说纷纭，莫衷一是。曲乃实和李述都是自己的绝对亲信，他们的奏折是完全可信的。
皇帝简直有点头痛了，他万没有想到这个案子会如此曲折，同时他对江南民心的不稳也感到忧虑。但他到底是一位十分精明的皇帝，从一连串的事件中，他已肯定案情的缘由。而张鹏翮身为钦差，竟然眼睁睁看着要犯自缢，实在是失职！皇帝对张鹏翮已由信任变为怀疑，于是，当天就发下两道圣谕，一道是催张鹏翮、赫寿火速将勘查结果报上来，一道是密令安徽巡抚暗中查访陈天立的死因。
张鹏翮这位素以精干著称的官员也睡不着觉了，他与赫寿再三商议，拟就了一道奏折，大意是：“葛礼参劾张伯行指使证人，诬陷大臣及私刻书籍诽谤朝政都查无实据，张伯行参劾葛礼受贿出卖举人功名之事也属虚妄。但张伯行心性多疑，无端参劾总督，造成督抚互劾，江南大哗，照律应予革职。”
张伯行知道科场案如此了结，顿时心如火焚，于是他又写了一道奏疏指出：“科场舞弊，名声狼藉，大江南北，众目交注。葛礼仗势受贿卖官，民愤极大，若不按律严惩，江南民心何托？今后秋闱信誉何在？江南吏治本已荒疏，封疆大吏舞弊居然逍遥法外，国家法度岂不是一纸空文？臣身为抚院，不敢不竭忠以尽言，万岁要三思三思再三思。”奏章写罢，张伯行已老泪纵横，他用颤抖的手将奏折封严，命有司官员以八百里加急驰送京都。
皇帝几乎同时接到了四道有关科场案的奏折，第一道是张鹏翮、赫寿的结案折，请将张伯行革职。第二道是安徽巡抚梁世勋，回复调查证人陈天立死因的结果，折中说江南刑狱官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，几乎都是葛礼的亲信，消息封闭甚紧，难以确定究系自杀还是灭口。第三道是苏州织造李述的密札，报说张鹏翮二人在拜本后已经起身往福建，但扬州民心未定，纷纷议论卖举人的情弊不曾全然明白。第四道就是张伯行措辞激烈的本章。
四道奏章一对，泾渭已然分明。案情其实并不复杂，却发展到现在这种局面！皇帝见到此种情景，心中顿时燃起了一股怒火，他用力压制自己，定下心来思索再三，决定将张鹏翮的奏折留中，另外再派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢为钦差，重新审理此案。
但是，新任钦差穆和伦与张廷枢，到扬州后什么也没干，就一头扎进了案卷堆中。这两个人都是老于事故，八面玲珑的京官，当接到皇上的委派令时，就暗暗叫苦，知道摊上了一件简力不讨好的差事。他们很清楚，这件案子怎么断都会惹来麻烦。如果认真察理实情，不但要得罪督抚，还要得罪两位前任钦差。如果草草了结此案，江南民怨不能平息，皇帝也不会答应。商量来商量去，觉得只有在案卷上下工夫，想法补上原卷的破绽，然后再摆出一副雷厉风行的样子，公开审讯一批人犯，才能维持住原判，实际上也就是保住了前任钦差的面子。
想好对策，新任钦差穆和伦与张廷枢就开始实施。行辕衙门前一连热闹了十天，一批批人犯，被分别审讯，每天都有审讯告白贴出，钦差审案可谓明察秋毫，执法如山。审案结果，主考左必藩纵容舞弊，被革职查办，副主考赵晋、阅卷官王曰俞、方名受贿出卖功名被判斩立决，程光奎、吴泌、席玕等生员贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责。总督葛礼与舞弊案无关，但审理不力受到切责，巡抚张伯行无中生有诬劾朝廷重臣，以革职处分。
穆和伦、张廷枢这一步棋确实走得好！
严惩了主考官和吴泌等，为江南士子出了一口气，自然平