不久后，在西太平洋上，一场规模浩大的战争打响了。
美军出动了几乎整个太平洋地区的全部军事力量，与希尔控制下的兴日会暴徒军队展开决斗。
成千上万先进的战机、军舰、导弹，以及数十万名全副武装的美军士兵，先后从美军驻太平洋地区的各个军事基地出发和发射，气势磅礴，浩浩荡荡地飞往、驶向日本的冲绳岛和东京地区。
美军的作战计划是兵分两路发起进攻，一路由驻韩美军、驻日美军、日本自卫队联合向被兴日会占领的东京部分地区发起进攻，另一路由驻关岛的美军和驻\菲美军联合向冲绳岛发起进攻。驻夏威夷基地群的美军和驻\澳、新基地群作为增援部队，分别向东京和冲绳岛战场进行增援。
另外，原本分别正在喃海和北太平洋执行任务中的美军太平洋舰队下辖海军第七舰队与海军第三舰队，以最快的速度航行到西太平洋，参与本次进攻。
由于美军没有很大的把握以常规军事力量歼灭拥有新型人类”军团的兴日会暴徒军队，所以他们本次进攻的首要目标不是歼灭对方军队，而是瓦解对方的战略体系，为美军的战略打击（核打击）创造条件。
其中，最主要的任务包括以下几项：
一、破坏位于东京的“天之迦久矢”实验室，务必使兴日会无法使用虫洞武器。
二、破坏专门制造“突变进化剂”的地下制药工厂，以阻止兴日会暴徒军队增加更多的“新型人类”暴徒。
三、破坏冲绳岛上的各雷达站，务必使兴日会无法探测到美军的军事武器，特别是战略武器。
四、破坏冲绳岛上和东京被占领区域内的各个反导系统，务必使兴日会无法拦截美军发射的弹道式导弹和巡航导弹。
五、采取斩首行动击毙兴日会暴徒军队的实际指挥官——盖伦斯科特，令暴徒军队失去总指挥，以降低该暴徒军队的反击能力。
具体作战方案是：实施空海一体战，首先致盲冲绳岛和东京地区的基于太空、网络的通信系统，然后以精确打击方式，摧毁位于这两个地方的地基、海基武器平台。接着，在冲绳岛战线上，采取“远征前进基地作战”战术，将美海军陆战队部署到冲绳岛附近的离岛，从而通过情报、侦察和监视的手段来取得该地区的制空、制海权优势。
与此同时，在东京战线上，采取“超地平线突击登陆””两栖作战，让实施首次突击的登陆部队避开横须贺海军基地的主要火力的有效射程，运用各种快速上陆输送工具，由空中和水面输送至横须贺海军基地的侧后方，再向横须贺海军基地发起突击，并让后续作战力量由水面迅速向横须贺军港机动，与首次突击部队协同行动，夺取登陆海滩和登陆场。
再之后，在冲绳岛战线上，向冲绳岛的多个港口和码头发起登岛作战，在东京战线上，由横须贺军港向东京挺进，与日本自卫队和日本本州岛地区的其他驻日美军，联合向兴日会暴徒军队发起正面进攻。在此过程中，使用电磁武器对“新型人类”军团进行克制，尽可能降低“新型人类”军团的战斗力，并让各大部队优先掩护战场上的各支特种部队行动，协助各支特种部队顺利完成瓦解对方战略体系的破坏任务。一旦对方战略体系被瓦解，则所有部队迅速撤离战场，由战略轰炸机和洲际导弹对冲绳岛和被兴日会占领的东京部分地区实施核打击，给予对方毁灭性的一击。
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（注：空海一体战：在战争开始时，采用“致盲战术”，由计算机黑客对目标国的网络和卫星系统实施攻击，使这些系统瘫痪无法使用。然后再利用美军的海空优势去摧毁目标国陆基和海基的雷达系统和导弹系统。
“远征前进基地”作战：利用错综复杂的岛屿为前哨来破解对方的防线，通过将连、排、班相对适中规模的部队部署到临时的地点进行濒海作战，来帮助提升美军大型水面舰艇和远程精确打击武器的生存能力和战斗能力。
“超地平线”两栖登陆作战：登陆部队从视距以外威胁敌人广阔的海岸线，伺机在敌海岸防御薄弱的地段登陆，以达成两栖作战的战术突然性。具体操作，就是使用高速气垫艇（lcac）运载登陆部队及装备从敌人视距外向海岸快速突击，出其不意，打敌人一个措手不及，以此快速取胜，减少人员伤亡。
电磁武器：能产生强电磁脉冲以毁坏敌方电子信息装备或破坏其正常工作的武器。其中，电磁脉冲炸弹是美军目前主要使用的电磁武器。通过对拉吉身体的研究，美军发现当“新型人类”使用超能力（意识能量）时，用电磁武器对他们进行攻击，会对他们造成极为严重的、甚至是致命的伤害。电磁武器比起其他常规武器，能更有效地对付“新型人类”。）
在这次战争中，伊藤健一、拉吉、武藤樱与莫尼卡·布尔乔亚率领的美国海军特种作战研究大队（devgru）负责执行破坏东京大型强子对撞机实验室（“天之迦