在圣迹中见到了苍玄老祖的执念，了解到当年其陨落的原因、圣族、诸天九印等。吸收圣血，一步迈入了准太初境，玄蟒鳞化为紫金色彩。圣迹结束，周元与夭夭加入了苍玄宗。赵盘不顾身份对周元出手，被周元躲过。随后赵盘恼羞成怒，惹出了苍玄老祖执念，赵盘瞬间被打得不知死活。
众人来到圣州大陆。入苍玄宗，陈猿私自卖一等弟子的名额，被穆无极道破，并为周元、夭夭争取到了外山一等弟子的名额。陈猿耍手段让韩山挑战周元，取代其成为一等弟子，被周元一拳击败。
因为击败了韩山导致韩山的朋友祝峰记仇。在自己要去修习化虚术的时候其指点化虚术的导师:祝岳为了帮自己的兄弟讨回公道而不指点。后来被夭夭告知破障圣纹可以用于学习源术从而用破障圣纹来修习化虚术。
周元为了赚取源玉而选择用破障圣纹来指点顾红衣及其他的外山弟子化虚术。因此导致得罪了祝岳，祝岳便在陈猿的怂恿下与周元比拼化虚术但因周元的神魂突破至实境落败而失去了指点他人化虚术的权利。
因为周元教导顾红衣化虚术导致陆风处处刁难周元。并在选山大典上曾一度因源兵占了下风而吃亏，但后来天元笔进化出第四纹并使用九龙典战胜陆风成为了金带弟子成为选山大典第一后与夭夭一同进入圣源峰进行修行。
入圣源峰后拒绝加入陆宏一脉，选择沈太渊一脉，并被沈太渊重视。因被沈师礼遇而被其他弟子嫉妒，向曹狮邀战，依靠九龙典八龙击败曹狮。源池洗礼时因祖龙气而吸引大量水兽围攻，依靠吞吞获取源髓。误入李卿婵属地目击其净身遭追杀，被夭夭所救，后以帮助李卿婵夺千丈水兽源髓达成和解。对千丈水兽时利用叶歌所留的源纹结界击败千丈水兽。之后在李卿婵的帮助下得到一颗千丈水兽源髓，获得八龙洗礼。
洞试时一拳击败陆宏一脉两位弟子，以九龙典九龙击败卫幽玄，获得紫源洞府及作为奖励的天阳神录源材。夭夭遭灵纹峰弟子为难时与夭夭一同破阵，与金带第一弟子夏雨对抗，依靠对方的神魂压制突破实境中期，并利用神磨印记击败夏雨。紫带选拔时遭剑来峰围剿，使用化虚术第三重布置天雷玄火结界淘汰所有的剑来峰弟子，并用怨龙毒侵蚀徐炎打成两败俱伤，夺得魁首。
洞试结束后，在圣源峰遇到玄老，在他的帮助下，修炼太乙青木痕。之后怨龙毒爆发，夭夭用吞吞的血帮其镇压。参加苍玄宗的任务，与李卿婵和赵烛等人前去黑炎州抢夺源脉，获得首功。回到宗门后，修炼玄老所给的小玄圣体。在首席之争时，与陆宏一脉相争，击败袁洪，成为圣源峰首席，在圣源峰中获得第二道圣纹：地圣纹，并带领圣源峰众人在源池祭的时候坑害剑来峰，以不到五百的人数几乎击垮剑来峰万余人。在源池祭最后，出现了百余年未曾为出现的万丈水兽，十位圣子联合夭夭，吞吞和周元才侥幸打败它，获得从未有过的九龙洗礼。
半年后，玄源洞天开启，圣州大陆诸多宗门都派弟子前往争夺机缘。在洞天中，与圣宫针锋相对，先后斩杀圣宫首席宁墨、范妖，断圣宫首席赵鲸一臂，重创圣宫圣子柴嬴，圣宫圣子铁魔、雷俊，在最后的大战中，楚青对阵圣宫第一圣子姜太神，夭夭对阵第二圣子詹台清，周元对阵第三圣子金蟾子。在金蟾子被周元使用银影击杀，詹台清被夭夭的魂炎重伤的时候，姜太神不得不放弃对苍玄宗的战斗。周元在洞天的石壁中得到了第三道圣纹：天诛。
周元突破九重天巅峰时，圣宫中武煌凭借血修罗之身，打败姜太神，成为圣子榜第一圣子。周元挑战六峰，成为圣子之首，夺得七峰圣术。回到苍玄宗后，周元将许诺给夭夭的桃夭酿取出与夭夭品尝，夭夭尝出周元的血得知其材料是由周元之血浇灌半年才结成的，被其感动。他们两情相悦，发展为恋人。他们将一坛桃夭酿埋入树下，夭夭告诉周元其味道难以忘怀，假如有一天她将一切忘记就带她来喝这桃夭酿。周元在玄老的帮助下修炼成了玄圣术。
在周元回大周时，圣宫弟子和苍玄宗弟子打了起来。周元与武煌交战，虽然武煌是第一圣子，但是，武煌还是在与周元的生死之斗时落败而亡。除掉死敌的周元回到了苍茫大陆.
之后周元成功突破到神府境，自身气府进化为混沌九神府，然后在与武王的对战中斩其肉身，但武王的神魂逃离，周元只身前往大武都城，与从混元天回来的武瑶见面，武王神魂则被武瑶所灭。武瑶欲夺周元圣龙之气，夭夭却于此时出现，两女一场大战即将开始，周元却又遭武瑶仰慕者赵云霄偷袭，随后武瑶离开。
从来自天云阁的神府境口中得知圣印被隐于雷击之地，为避免圣纹被察觉决定先行寻觅圣印，从黑毒王的口中察觉到圣印被隐于黑渊，与夭夭一同前往寻找。在黑渊雷池中寻出圣印，但因此暴露圣印所在引来苍玄天所有顶尖强者。因天圣殿殿主的威胁，夭夭解开了封印，周元听从玄老的建议与玄老一同将圣纹置入圣印中，唤醒苍玄老祖的残魂，被苍玄老祖借用肉身对抗圣元及外界的圣族强者，但因圣元以肉身接引圣族达